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一种残基对距离约束引导的片段组装方法,首先对预测的残基对距离分布图进行处理,过滤残基对间隔小于3个残基的残基对,根据过滤后的残基对距离分布构建全局构象评估函数。然后采用高斯拟合将过滤后的残基对距离分布按片段插入位置拟合成对应的高斯拟合曲线,接着根据每个位置的高斯拟合曲线对该位置的9片段库文件进行处理得到候选高概率片段,利用高概率片段进行片段组装,提高搜索构象空间的效率,最后利用蛋白质结构聚类算法SPICKER得到最终预测结构。本发明提供一种采样效率较高的残基对距离约束的片段组装方法。