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一种基于网络编码的双向分子通信网络中节点决策阈值的确定方法,包括以下步骤:第一步,基于网络编码策略,计算源节点S-1和源节点S-2处在第2n个时隙收到的分子数;第二步,在中继节点R、源节点S-1和S-2处分别建立假设检验模型以及最优阈值检测规则,得到基于网络编码的双向分子通信网络传输第n个比特的平均比特错误率;第三步,利用PSO算法最小化SNM和DNM情况下的平均比特错误率,从而确定双向分子通信网络在SNM和DNM情况下各节点的决策阈值。本发明主要开发可用于确定低比特错误率的双向分子通信网络的节点决策阈值方法。