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一种基于差异检测的医院就诊流程优化方法,包括:对医院就诊流程的两个不同版本进行结构和行为两方面的差异检测;连接两个不同版本医院就诊流程的相同部分和不同位置上差异部分的组合,建立所有可能的候选优化流程;对每一个候选优化流程进行优化质量、最长执行时间和时间稳定率计算,过滤掉优化质量和时间稳定率小于给定值且最长执行时间大于给定值的流程,将剩余优化流程加入到候选集合中;在候选集合中选出花费最小的流程;若所选花费最小的候选流程的花费小于两个流程的花费,则该花费最小的流程为最佳优化流程,否则优化流程创建失败。本发明利用现有的流程资源自动进行流程优化,在保障病人就诊时间的同时,节省了流程优化的时间和费用。