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本发明公开了一种利用生物锰氧化物和羟基磷灰石处理地下水重金属的方法,即利用低温水热法原位合成羟基磷灰石,再利用锰氧化菌菌剂和生物锰氧化刺激剂原位合成生物锰氧化物,最终在生物锰氧化物和羟基磷灰石的共同作用下,达到原位同步去除地下水中Fe、Mn、As、Pb、Cu、Zn等多种金属污染物的目的。与单纯的原位合成羟基磷灰石或锰氧化物处理地下水中Fe、Mn、As、Pb、Cu、Zn等多种金属污染物的方法相比,羟基磷灰石与生物锰氧化物的联用使污染物去除效率更高。另外本发明具有工艺简单、操作方便、成本低廉、效果明显等特点,可推广应用于我国砂质土壤地下水重金属修复。