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本发明公开了一种基于回归校正网络的声呐图像配准方法及系统。本发明涉及的一种基于回归校正网络的声呐图像配准方法,包括步骤:S11.创建3D投影变换参数的回归网络,得到3D投影变换参数的预测模型;S12.创建3D投影变换的几何变换网络;S13.创建计算图像相似度的比较网络;S14.根据得到的预测模型的参数和所述几何变换网络生成配准图片,通过所述比较网络计算参考图像和配准图像的相似度,得到图像的配准。本发明将复杂的配准任务分解为可以单独学习的两个简单子任务,通过组合技术优化配准结果。