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本发明涉及一种智能集菌操作系统的控制输液及集菌装置。本发明固定压管座固定在固定托板上,在固定压管座上开有多个输液管放置流道,每个输液管放置流道均对应设置水平式夹钳;培养器工装固定在固定托板上,用于保护培养瓶;培养器工装顶部固定有夹管卡、动刃刀、仿瓶头,每个针管对应一组夹管卡和动刃刀;培养瓶顶部接输液管,培养瓶底部设置有瓶下管道。本发明机械结构及自动化装置快捷高效的实现了从药品提取到收集菌群的过程;设置多个仿瓶头,与机械臂配合使用适用于高度集成化的设备,简化了人工操作所带来的菌群污染,提高了药品中菌群的收集速率,为后期的精准检测菌群的质量,缩短了所需的工程时间。