[00101512]一种基于字典学习的氨基酸序列特征提取方法
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技术详细介绍
本发明公开了一种基于字典学习的氨基酸序列特征提取方法。本发明首先给定一种AAindex,每条氨基酸肽序列数据都可用P＝R-1R-2......R-L表示,通过给定的AAindex,可将上述序列编码成P-E＝E-1E-2......E-L。其中E-i为氨基酸残基的R-i的属性值；接着,对肽序列使用n-gram模型分解成单词并分割成不同长度的片段,之后对同一长度的片段聚类生成字典；最后将样本基于欧氏距离的词频学习字典的特征构成样本特征矩阵。本发明能够有效的对氨基酸序列进行特征提取,实现降维,得到氨基酸中潜在的规律,特征选择的结果对样本类别判定具有重要意义,有效提高样本类别判定的准确率。
