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本发明公开一种基于3D重建技术的CAG和IVUS精准联动分析方法及系统,包括:在两个不同造影视角下的造影图像序列中,分别选择IVUS导引丝轨迹清晰的单张造影图像,并进行图像预处理;对预处理后的单张造影图像中的IVUS导引丝进行交互式分割提取,分别从两张图像中提取出IVUS导引丝的二维轨迹坐标;对提取的两组二维轨迹坐标,作离散点插值,得到相同数量的离散点后进行三维重建;对三维重建得到的坐标点进行曲线拟合,计算IVUS导引丝回撤的轨迹长度,建立导引丝长度和IVUS序列之间的映射关系,实现造影图像和血管内超声图像之间的联动分析。本发明通过结合CAG和IVUS的优点,精准地实现心两种图像序列及其纵截面三者之间的联动分析,提高相关疾病的诊断效率。