本发明提供了一种用于植物甾醇侧链降解反应的底物处理方法,属于微生物制药领域,本发明涉及的方法用于植物甾醇侧链降解生成雄烯二酮(AD)反应中,投加植物甾醇进行转化前预先将植物甾醇与凹土进行改性,根据底物投料量与凹土的添加量,控制植物甾醇与凹土的质量比为1:0.1~5,投入的共改性植物甾醇与凹土的浓度为1~40g/L。此方法能够有效提高底物在水溶液中的分散度,提高底物的利用率和反应速率,并在一定程度上解除底物和产物抑制,提高产物的转化率,且工艺简单,经济实用,对环境污染危害小,对用生物转化法生产甾体药物有着非常重要的意义。