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本发明涉及一种苯甲酰化修饰富集的分子印迹整体柱及其制备方法和应用。该苯甲酰化修饰富集分子印迹整体柱是以合成的苯甲酰化修饰肽SGRGKbz为模板,选取丙烯酸锌与DESs单体(氯化胆碱‑甲基丙烯酸,ChCl‑MAA)为二元功能单体,制备得到了识别能力强、高选择性、高亲和力的印迹整体柱。本发明制备的印迹整体柱不仅对SGRGKbz有高的回收率,可达97.3%。而且小鼠肝脏蛋白酶解液在经印迹整体柱富集后可检测到12个苯甲酰化修饰肽段,而未经富集的仅检测到1个。本发明制备的印迹整体柱能实现对苯甲酰化修饰肽的特异性富集,为苯甲酰化修饰富集提供了新的选择,对苯甲酰化修饰蛋白组学的研究具有非常重要的意义。