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本发明公开了一种基于菌毛多样性的尿路感染大肠杆菌的分型方法,特别是涉及对尿路感染大肠杆菌的分型方法,该方法通过三种菌毛抗原基因( yagV , fimF , fimH )的进化分析以及菌毛抗原类型的鉴定确定尿路感染大肠杆菌的型别,包括样品预处理—扩增—电泳检测结果—切胶回收电泳样品—测序—序列比对,构建进化树。同时也公开了菌毛抗原多样性在尿路感染大肠杆菌分型中的应用。本发明的分型方法具有简便,检测周期短、速度快,可操作性强的特点,分辨率相比MLST显著提高,接近于基于全基因组测序分型方法的分辨率,而检测成本相比基因组测序方法较低,具有很好的市场应用前景。