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本发明公开了一种低荧光背景荧光探针及其合成方法和用途,为咔唑吡啶苯并吲哚类,以乙醇为溶剂,加入摩尔比为1:1.1~2的2,3,3-三甲基-3H-吲哚啉-5-磺酸基盐和3-甲酰基-6-(4-乙烯基吡啶)-9-乙基咔唑以及催化剂量哌啶,加热回流4-12小时;反应完毕,减压蒸馏除去溶剂,用硅胶柱层析得到荧光探针。本发明的低荧光背景荧光探针与平行结构的G-四链体DNA(c-myc2345)结合后荧光增强超过百倍,具有抗肿瘤药物先导化合物的特性。本发明的低荧光背景荧光探针具有荧光背景低、与DNA结合特异性强、制备简单和结构稳定等特点。