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本发明属于生物技术领域,涉及一种核酸自组装复合纳米花颗粒材料及其制备方法和应用,所述自组装复合材料为收缩后的核酸与Mg2P2O7共结晶形成的纳米花颗粒,所述颗粒的粒径小于500nm。本发明的自组装复合材料为具有高比表面积的纳米花结构,该DNA纳米花自组装复合材料的产率接近100%,颗粒在500nm以下,利于后期的利用;不仅如此,本发明的自组装复合材料中的DNA或RNA是动植物细胞的内源性大分子具有低的毒性和良好的生物相容性,DNA除了作为遗传信息的携带者之外,还可以起到靶向识别、酶催化等作用,引入功能核酸可实现DNA纳米花复合材料的多功能一体化,其全部采用天然的生物分子,生物相容性好,细胞毒性小,且生产成本低,利于大规模生产开发。