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本发明公开了一种双边协调训练系统和控制方法,双边协调训练控制方法包括:接收上位机发送的训练指令;根据训练指令,确定机器人的三自由度双边运动机构的目标运动信息;控制三自由度双边运动机构基于目标运动信息进行对应的运动,并将训练过程中产生的训练数据及运行状态信息发送至上位机;其中,训练指令包括双边无关联运动训练指令、双边柔性关联运动训练指令或双边刚性关联运动训练指令。利用该方法,既可以实现对肢体运动功能障碍人群进行康复训练和双边协调训练,进行脑功能重塑,又可以对普通人群进行肢体双边协调训练,提高肢体协调运动的能力,开发脑区。