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本发明公开了基于SCX/SAX混合填料的集成化蛋白质组学样品前处理平台及其应用,所述蛋白质组学样品前处理平台包括移液枪枪头(1)、强阳离子交换树脂和强阴离子交换树脂混合填料(2)和固相萃取膜(3);所述固相萃取膜(3)填充于移液枪枪头(1)的下端,强阳离子交换树脂和强阴离子交换树脂混合填料(2)填充于移液枪枪头(1)下端并位于固相萃取膜(3)之上。本发明的蛋白质组学样品前处理平台在混合离子交换填料上完成样品预富集、还原、烷基化、酶解步骤,该反应器的特点在于所使用的混合离子交换填料可在任意pH值下实现蛋白质富集,且酶解pH置换过程中,蛋白质损失少,胰蛋白酶可以在两种填料之间来回移动,酶解效率更高。