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本发明公开了一种时钟同步电路、时钟同步方法和海底地震仪,其中,时钟同步电路包括:主时钟电路、至少一个地震数据采集电路、微处理器控制电路和至少两个分频电路;至少两个分频电路包括第一分频电路和第二分频电路;主时钟电路用于产生主时钟信号;第一分频电路与主时钟电路连接,用于对主时钟信号进行分频处理得到地震数据采集时钟信号;地震数据采集电路与第一分频电路连接,用于获取地震数据采集时钟信号;第二分频电路与主时钟电路连接,用于对主时钟信号进行分频处理得到实时时钟信号;微处理器控制电路与第二分频电路连接,用于获取所述实时时钟信号,本发明实施例提供的时钟同步电路时间精度高且功耗低。