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本发明公开了基因组隔离子的高通量鉴定方法,包括:1)构建报告载体:报告载体依次具有启动子、ORF区、内含子和隔离子候选序列插入区和增强子;增强子用于增强上游序列的表达,隔离子候选序列插入区插入有隔离子候选序列;2)将报告载体表达转录;3)检测转录序列的编辑后转录情况,确定隔离子候选序列是否为隔离子。该方法构建的报告载体库可以覆盖90%到99%的基因组非编码区,不需要蛋白位置信息,全部分析;将所构建的库转入细胞内,可以同时检测几乎整个基因组序列是否具有隔离子活性,可以大规模并行分析,避免单个、少量的分析;因为所构建库覆盖几乎所有位点,因此未知区域同样可以被检测分析。