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本发明实施例公开了一种基于指令集的数字信号控制系统、FPGA模块及方法。该系统包括数字输入输出电路DIO控制模块和先入先出FIFO模块;DIO控制模块包括至少两个DIO通道接口,DIO通道接口分别与对应的DIO通道相连,DIO控制模块的输出端和FIFO模块的输入端相连;DIO控制模块,用于通过DIO通道接口接收DIO通道的控制指令后,解析接收的控制指令,生成数字信号,并将数字信号组合成一个整体信号传输至FIFO模块;FIFO模块,用于对整体信号进行跨时钟域处理,并输出处理后的整体信号。该系统可以实现用指令控制数字信号输出,可以简单增加或减少数字信号的个数,数字信号可以同时输出,严格同步。