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本发明实施例公开了一种药物反应数据库建立方法和装置,该方法可包括:获取用户基因组的SNP数据,所述SNP数据包括至少一个SNP位点的形态信息,所述SNP位点的形态信息包括该SNP位点的标识、该SNP位点所属的染色体、该SNP位点在该染色体的定位和该SNP位点的基因型;获取生物数据库,所述生物数据库包括多个SNP位点对应的药物反应信息;将所述SNP数据与所述生物数据库进行比对,从所述生物数据库中选择所述SNP数据包括的至少一个SNP位点对应的药物反应信息;将所述选择的获取反应信息建立为所述用户的药物反应数据库SNP。本发明实施例可以建立包括用户的SNP数据与医学信息的对应关系的数据库。