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为了评价转基因棉花对土壤细菌群落结构的影响,试验采用转基因棉花品种晋棉26号及其非转基因亲本晋棉7号,另一个传统棉花品种中棉所12号进行了长期定位试验,利用高通量基因测序法研究了转基因棉花对土壤细菌的群落结构的影响。结果表明,3个棉花土壤细菌共检测到1585个OTUs,除一个未分类门和4个待定候选门外,分别属于已知的21个门。主要优势种群有变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、浮霉菌门、绿弯菌门、拟杆菌门。每个品种有独特的种群,转基因棉花晋棉26号独有栖热菌门,晋棉7号独有的种群为WCHB1-60。转基因棉花土壤细菌多样性降低,但没有改变土壤细菌种群结构。