[00114156]上海基因3型猪戊型肝炎病毒全基因序列分析

戊型肝炎病毒（HEV）属于肝炎病毒属,是没有囊膜的、单股正链RNA病毒,是引起病毒性肝炎的一个主要病原。HEV分为4个基因型,我们前期报道了基因3型HEV在上海猪场普遍存在,目前对基因3型全基因组的结构特点还不清晰,本研究利用RT-PCR方法和RACE方法对HEV 基因3型分离株SAAS-JDY5进行基因组核苷酸序列分析。基因组序列经过检测和拼接后,发现基因组由7225个核苷酸组成,编码 3个开放性阅读框ORF-1、ORF2、ORF3,分别编码1702、660、113个氨基酸。遗传信息学分析证实SAAS-JDY5属于HEV基因3型,与日本分离株wbJYG1（AB222184）关系密切。SAAS-JDY5与来自美国的毒株核苷酸同源性为87%,与亚洲（基因4型）和墨西哥的毒株（基因2型）存在74-75%的同源性。SAAS-JDY5基因组序列与3型的参考毒株序列相比,在5145 bp有一个核苷酸替换,在7189 bp处存在一个缺失,而且在poly A的3’’端有2个核苷酸的插入。经过氨基酸序列比较分析,发现在ORF-1阅读框有15个氨基酸的替换和1个氨基酸的缺失情况,在ORF-2阅读框有3个氨基酸的替换。本项研究对HEV基因3型分离株进行了遗传特性分析,解析了病毒基因组结构,为HEV的防控提供了研究基础。