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一种分析糖蛋白的方法,其首先配制点样缓冲溶液、点制芯片、封闭、清洗、干燥后,得凝集素芯片。将生物样品直接加在凝集素芯片上,进行孵育、清洗去除杂蛋白、形成晶体、解离晶体,用飞行时间质谱仪检测荷电离子在真空电场中飞行的时间,得到糖蛋白图谱信息,直观显示被测生物样品中分子量、丰度等糖蛋白信息,鉴定糖蛋白差异表达。将被测生物样品的糖蛋白图谱信息与样本图谱信息进行比照,得到差异表达的糖蛋白信息。本发明解决了背景技术中检测通量低,检测步骤繁琐,周期长的技术问题。本发明操作简便,灵敏度高,重复性好,适合于医学临床的快速分析应用。