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本发明一种用磁性微粒分离纯化糖肽的方法。其实现步骤为:用水清洗环氧化磁粒置于烧瓶中,将盛有悬浮液的烧瓶放到磁性分离器上进行磁性分离,去掉上层不含磁粒的清液;加入50毫升质量分数为5%的水合肼,将烧瓶置于水浴锅中,向烧瓶中插入搅拌器,充分混合、反应,反应完成后,用无水乙醇和水分别清洗,进行磁性分离,去掉上层不含磁粒的清液;将蛋白样品溶解或稀释于偶联缓冲液中,加入高碘酸钠至其最终浓度,常温避光反应;用G-25除盐柱除掉未反应的高碘酸钠;再用糖蛋白偶联,酶解得到糖肽。本发明优化了糖蛋白与肼功能化磁粒或的酰肼功能化磁粒偶联条件,分离纯化反应快速、高效。