[00128375]新疆地方绵羊品种全基因组遗传评估和基因发掘

全面、系统、准确地评估家畜遗传资源是资源保护和合理利用的基础。本项目利用表型组学和基因组学技术,完成了新疆9个地方绵羊品种表型数据的采集、收集、整理和建库;测定了13个品种全基因组SNP芯片和全基因组序列,建立了重测序和基因组芯片大数据库;利用基因组大数据系统评估了十三个地方绵羊品种的群体遗传结构和遗传多样性水平,提出了品种保护的策略和方案;发掘了第一批与重要性状相关的新基因。研究工作对新疆地方绵羊品种的保护、利用和遗传改良提供了系统的基础数据和技术理论支撑。具体成果如下： 1、参考新西兰、澳大利亚表型测定系统,建立了科学规范的生长发育性状测定指标参数、活体表型测定技术和胴体性状测定方法,明确了测定样本的数量和个体选择条件;规范了屠宰分割、胴体性状、体组成性状、脂肪性状和内脏性状的测定技术和标准,建立了主要表型性状数据库,为绵羊表型组学研究提供了技术规范、参考标准和基础数据。 2、完成了十三个新疆地方绵羊品种基因组重测序,建立了重测序数据分析技术平台和基因组大数据库,为利用基因组大数据进行遗传评估、基因发掘和品种遗传改良提供了基因组大数据平台。 3、利用50K SNP数据,分析了各品种的主成分、连锁不平衡、遗传距离、杂合度、近交系数;主成分（PCA）和遗传树分析结果表明阿勒泰羊、哈萨克羊、巴士拜羊、巴音布鲁克羊、柯尔克孜羊、巴尔出克羊、罗布羊、吐鲁番黑羊、叶城羊遗传距离较近,表明它们之间遗传分化小,遗传物质相似,之间可能有基因交流,特别是哈萨克羊、阿勒泰羊和巴士拜羊,而多浪羊,策勒黑羊、和田羊和塔什库尔干羊与其他羊比较,遗传分化程度高,遗传距离较远,而且和田羊种内分化为了两个群体;品种的观察杂合度（OHE）、期望杂合度（EHE）和近交系数数据说明,新疆地方绵羊品种与国际绵羊品种种内的遗传多样性类似,遗传多样性较丰富。 4、通过全基因组清扫技术,发现了新疆地方品种之间、地方品种和培育品种的受选择区域,进一步通过基因组重测序,首次在基因组中鉴别到影响绵羊对干旱环境适应相关的GPX3基因,相关文章已作为封面文章发表在进化生物学领域顶尖杂志MBE;首次发现了影响多浪羊体格大小的NPR2基因;首次在长尾和短脂尾品种中发现了影响绵羊尾型和尾椎数的T基因、影响耳朵发育的HMX1基因并通过基因编辑技术验证了基因功能。这些发现为深入研究绵羊的适应、进化和重要性状形成的遗传机制提供了宝贵的候选基因。 5、举办了首届“国际绵羊基因组遗传研讨会”及第三次“中国-新西兰绵羊联合研究中心学术交流会,提升了我国在绵羊基因组遗传研究领域的国际影响和知名度。项目共发表论文7篇,其中SCI论文4篇,中文核心期刊3篇,培养博士、硕士研究生各3名,形成了一支基因组研究的学科团队。