本发明公开了一种两系特小胚杂交稻的选育方法,属于特种水稻育种技术领域。将待诱变两系不育系和恢复系的未成熟胚经离体组织培养诱导形成愈伤组织,用11-15Gy剂量的60Co-γ射线照射处理,获得特小胚性状突变体,再通过农艺、产量、开花等性状的选择育成特小胚两系不育系和恢复系,进而配组成两系特小胚杂交稻组合。本发明以育种的方法降低胚的含量,达到提高胚乳比重,从而提高稻谷千粒重、产量和精米率的目的。本育种方法特小胚性状的突变频率达0.01-0.02%,选育的两系特小胚杂交稻的胚重仅占糙米粒重的1-1.2%,只有普通稻米胚的三分之一至二分之一大小,精米率比普通稻提高1.5-2.5%。