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本发明提供一种注射用磷脂酰胆碱的制备方法,包括以下步骤:(1)磷脂原料预处理:在磷脂原料中加入有机溶剂,经超声溶解后过滤,得到磷脂原料溶液;(2)将步骤(1)所得的磷脂原料溶液加入到已用惰性气体置换保护的色谱柱中;(3)待磷脂原料溶液完全吸附到色谱柱填料上,加入有机溶剂进行洗脱,同时向色谱柱中充入惰性气体使色谱柱中的压力为0.1~2Mpa;(4)收集步骤(3)的洗脱液,检测收集到的各流份洗脱液中磷脂酰胆碱的纯度,将纯度大于99%的流份洗脱液合并,在30~50℃水浴下减压浓缩至干即得注射用磷脂酰胆碱。该方法制备得到的磷脂酰胆碱纯度高,得率高,工艺简单,环保、成本低廉,可大规模生产。