[00136506]一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA-seq候选基因的方法

基于全基因组重测序的BSA-seq通常是从作图群体中挑选极端个体,然后等量混合样本构成两个DNA池,对亲本和池进行高通量测序,鉴定在亲本和两个池中共有的SNPs,计算两个混合DNA池中相同变异位点的基因型频率及其差值,以差值来体现标记在池间的多态性,从而实现候选基因的定位,然而BSA-seq相对于全基因组关联分析、遗传图谱等基因定位技术,存在准确度低、精确度低等缺点,且在基因组差异小的区域容易造成的候选区域的假阳性。因此在对低密度SNP区域的候选基因进行预测时,有必要针对差异小的基因组区域对候选基因进行准确预测,并提供一种快速、高效、廉价的预测方法。本发明涉及基因组测序技术领域,特别涉及一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA seq候选基因的方法,本发明针对BSA seq在候选区间附近有低密度SNP区域,通过比价两亲本间的SNP,对SNP列表进行严格过滤,找出低密度区域,然后利用置信区间为95％时对应的候选区间加上低密度候选区间,利用基因组注释网站对候选区域内的基因进行注释;对候选区域变异位点功能注释,得到存在移码变异等功能性变异的基因,并确定该基因为候选基因;使用本发明的方法能弥补由于基因组差异小的区域而造成的候选区域的假阳性,获得真正的候选区间。 本发明主要包括以下步骤：混池、提取DNA、测序、与参考基因组比对统计、SNP检测与注释、SNP-index关联分析和候选区间分析。本发明针对BSA-seq在候选区间附近有低密度SNP区域,通过比价两亲本间的SNP,对SNP列表进行严格过滤,找出低密度区域,然后利用置信区间为95％时对应的候选区间加上低密度候选区间,利用基因组注释网站对候选区域内的基因进行注释;对候选区域变异位点功能注释,得到存在移码变异等功能性变异的基因,并确定该基因为候选基因;使用本发明的方法能弥补由于基因组差异小的区域而造成的候选区域的假阳性,获得真正的候选区间。本研究的目的在于针对现有技术的不足,提供了一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA-seq候选基因的方法,并且已在本单位得到有效应用,效果良好。该方法针对BSA-seq在候选区间附近有低密度SNP区域,通过比价两亲本间的SNP,对SNP列表进行严格过滤,找出低密度区域,然后利用置信区间为95％时对应的候选区间加上低密度候选区间,利用基因组注释网站对候选区域内的基因进行注释;对候选区域变异位点功能注释,得到存在移码变异等功能性变异的基因,并确定该基因为候选基因;使用本发明的方法能弥补由于基因组差异小的区域而造成的候选区域的假阳性,获得真正的候选区间。该方法具有较强的推广应用价值,提高了研究效率,保证了研究的准确和可靠性,有助于推动水稻研究的进一步发展,具有良好的社会经济效益。