[00143757]甘肃胃癌高发区的转录组分析探索

此本研究从TCGA数据库中下载81例东方的胃癌患者和255例西方的胃癌患者的RNA-seq样本和相应的临床资料,其中东方胃癌包括74例肿瘤组织和7例正常对照,西方胃癌包括238例肿瘤组织和17例正常对照。首先通过R语言的edgeR包获取胃癌组织与正常组织中有表达差异的lncRNA,然后使用单因素COX回归分析筛选出与胃癌预后相关的lncRNA。用lasso回归和多因素COX回归分析建立与胃癌预后相关的lncRNA预测模型,并绘制胃癌患者的ROC曲线,验证该模型的可靠性。最后通过该模型对东西方胃癌生存预后进行对比。结果：TCGA数据库中下载的81例东方胃癌患者的样本中筛选出有差异的lncRNA 928个,其中上调的有505个,下调的有424个;单因素COX分析后得到79个（P＜0.05）与生存预后相关的LncRNA,进一步完善lasso回归分析后筛选出15个与胃癌预后相关的lncRNA,多因素COX回归分析后构建了15个-LncRNA胃癌预后分析模型,并绘制东方胃癌患者的ROC曲线图,曲线下的面积表明该模型对东方胃癌的1年和3年的生存率的评估有较高的准确性。255例西方胃癌患者的样本中筛选出有差异lncRNA 4068个,其中上调的有2975个,下调的有1094个;单因素COX分析后得到341个（P＜0.05）与生存预后相关的LncRNA,进一步完善lasso回归分析后筛选出17个与胃癌预后相关的lncRNA,多因素COX回归分析后构建了17个-LncRNA胃癌预后分析模型,并绘制西方胃癌患者的ROC曲线图,曲线下的面积表明该模型对西方亚洲胃癌的3年和5年的生存率的评估有较高的准确性。通过该研究我们不仅发现东西方胃癌存在显著差异,并发现了东西方胃癌的差异性发病机制以及预后生存,还通过生物信息学制作了东西方胃癌不同的预后生存模型。成果：本研究获得了东西方胃癌患者生存预后相关的风险预测模型,通过该模型可以看出西方胃癌患者较东方胃癌患者具有较高的生存率。通过本模型一方面可以预测东西方胃癌的生存率,另一方面还可以通过该模型进行东西方胃癌的对比,以此本模型可进一步得到推广,既可以分别预测不同地区的生存率,也可以进行对比。而且通过本项目,我们还发表了三篇SCI论文,获得了较好的成绩。