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本发明涉及生物化工提取技术领域,具体而言,提供了一种从米糠油脱臭馏出物中提取天然维生素E的方法。该方法首先利用高真空精馏除去米糠油脱臭馏出物中大部分游离脂肪酸,降低后续酶法酯化的处理量,然后利用脂肪酶将高真空精馏后米糠油脱臭馏出物中剩余的游离脂肪酸、甘油三酯和甾醇酯等组分转化为脂肪酸单酯、甘油和游离植物甾醇等组分,最后利用分子蒸馏技术,提取制备米糠油来源的天然维生素E。该方法工艺简单,绿色环保,产品质量好,特别是生育三烯酚的含量和收率高,不管从生产工艺还是生产成本上看,都具有极好的工业应用前景。