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间充质干细胞 (Mesenchymal stem cells, MSCs) 是一种多能成体干细胞,其来源广泛,免疫原性低,易于体外培养,具有多向分化潜能、免疫调节功能和营养因子分泌作用,在组织损伤、免疫疾病、退行性疾病等多种疾病的治疗方面有着有极高的临床应用潜力和价值,而对于间充质干细胞的临床应用,其安全性研究亟待解决。本研究项目利用了全外显子组和转录组测序技术,对4株脐带来源和3株羊水来源的间充质干细胞系在P0、P2、P5、P10、P15这五个培养代数采集样本并进行高通量测序,获得了大量间充质干细胞基因组和转录组测序数据。对不同时间点、不同来源样本的数据比较分析表明:1)间充质干细胞在中短期体外培养的过程中,基因组基本保持稳定;2)间充质干细胞具有异质性,细胞亚群在传代过程中发生动态变化;3)间充质干细胞高表达外分泌相关通路基因,基因表达模式在不同来源细胞间存在差异;4)不同来源的间充质干细胞具有特异性的细胞表面标志物,研究发现了一些可以作为鉴定间充质干细胞来源的候选标志物。此外,评估培养代数有利于早期传代,因为一些重要基因如HOX和gene 26在该过程中减少并且可能影响细胞分化和粘附功能。本研究首次将基因组与转录组相结合,在宏观角度对体外培养的不同来源间充质干细胞进行了遗传稳定性评价,对未来间充质干细胞临床应用的安全指导具有重要意义。