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本发明提供了一种可编程偏振超光谱成像仪,包括设置在同一光路上的前置镜、视场光阑、准直镜以及声光可调谐滤光器;经声光可调谐滤光器衍射后的O光光路上依次设置有O光成像镜、O光探测器以及O光探测器控制处理系统;经声光可调谐滤光器衍射后的E光光路上依次设置有E光成像镜、E光探测器以及E光探测器控制处理系统,此外,还包括O光光楔和E光光楔;O光光楔设置在O光光路上,并置于声光可调谐滤光器和O光成像镜之间;E光光楔设置在E光光路上,并置于声光可调谐滤光器和E光成像镜之间。本发明具有多谱段复合成像能力、光子计数成像能力、谱段和光谱透过率可编程能力以及能同时获取正交偏振超光谱图像能力。