本发明提供了一种利用木瓜蛋白酶酶解猪皮胶原蛋白制备的抗冻多肽,以猪皮胶原蛋白为原料,通过木瓜蛋白酶的酶解,经过分离纯化得到抗冻多肽,其氨基酸序列为:Gly-Pro-Arg-Gly-Leu-Hyp-Gly-Glu-Arg-Gly-Arg-Hyp-Gly-Pro- Hyp-Gly。本发明突破了国内外现存的抗冻蛋白(多肽)的研究思路和方法,克服从天然生物体中纯化抗冻蛋白数量的局限性以及国际FDA组织对转基因抗冻蛋白在食品应用中的安全性顾虑,获得基于食品源的高效抗冻多肽,木瓜蛋白酶为开发基于食品源的抗冻多肽以及探索其在食品、医学上的广泛应用奠定理论基础。