本发明提供了一种畜禽养殖粪污化能与回用方法及系统。该系统由污水有机质富集系统、厌氧发酵系统,污泥回流系统和污水回用系统组成。该方法基于活性污泥对废水中有机质具有高吸附性的特性,实现畜禽养殖废水有机质的富集,再将富含高浓度有机质的污泥并同干粪一起进行厌氧发酵,产生沼气,实现生物质能的回用;对富集有机质后的低浓度废水采用人工湿地和消毒方法,进一步处理,达到水质标准,实现污水零排放。此外,沉淀池污泥和厌氧发酵产生的沼渣部分回流,经由再生池曝气处理,重新获得高吸附活性,循环用于吸附污水中有机质,此过程实现污泥和沼渣的循环利用。本发明事项了畜禽养殖废水的化能与回用,回收污水中生物质能并实现污水零排放,具有结构简单、投资和运行成本低、处理效率高等优点。