本发明公开了一种用基因工程共固定化木聚糖降解酶制备低聚木糖和木糖的方法,该方法首先通过基因重组技术将木聚糖降解酶带上一个在高温下结合力强的高效稳定的亲和签后进行共表达,并与固定化载体材料特异结合制备基因工程共固定化木聚糖降解酶,然后用共固定化木聚糖降解酶水解木聚糖溶液或农林废弃物的汽瀑液,即可得到低聚木糖和木糖。该法实现了多酶制备的一步法生产,多酶纯化与固定化同步,产物的分离回收和酶重复使用相偶联,提高酶对温度和PH的稳定性;达到了系列木聚糖降解酶之间的协同作用,催化效果高,反应副作用少,产量和纯度高,且所用载体是一种惰性、廉价、易于获得的多聚糖,生物相容性好,特别适用于食品和医药等领域。