本发明涉及一种基于重组工程介导的大肠杆菌基因组点突变的方法。本方法是先通过重叠——延伸聚合酶链式反应获得一个两端为与靶位点两侧序列一致的各50bp同源臂,中间为突变位点,与靶位点下游序列一致的30bp同源序列、两侧为两个归巢核酸酶I-SceI酶切位点的卡那霉素抗性基因的修饰片段;然后将50bp同源臂之间的片段整合至大肠杆菌基因组,突变位点取代基因组上的靶位点,获得卡那霉素抗性突变株。随后热失活的氯四环素诱导I-SceI酶的表达,催化30bp同源片段与靶位点下游30bp之间发生同源重组,从而将30bp同源片段、两个I-SceI酶切位点及卡那霉素抗性基因消除,获得发生点突变的大肠杆菌突变株。