本发明属于水产养殖学领域DNA标记领域,具体涉及应用微卫星标记对泰国笋壳鱼(云斑尖塘鳢 Oxyeleootris maroratus)和本地笋壳鱼(河川沙塘鳢 Odontobutis potamophila)鱼苗进行鉴别。本发明的一对引物序列如 SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示。鉴定时用上述引物对待鉴别样本进行PCR扩增,再用1%琼脂糖凝胶电泳对PCR引物进行检测,EB染色,250bp大小条带的为泰国笋壳鱼,300bp大小条带的为本地笋壳鱼;本发明所获得的微卫星引物,在云斑尖塘鳢和河川沙塘鳢群体中均能稳定扩增,结果稳定,条带清晰,且操作简单方便,成本低,实用性强。