本发明的目的在于提供一种粒径可控的载肝素钠聚氨酯微纳米颗粒溶液及其制备方法。该方法是以体积比1:4~4:1的四氢呋喃和丙酮混合溶剂溶解聚氨酯,使聚氨酯浓度为0.01%-1%,然后在快速搅拌下加入同体积的浓度为0.01%-1%肝素钠溶液,即得粗产物;将粗产物装入到透析袋,在去离子水中透析除去有机溶剂四氢呋喃和丙酮及游离肝素钠,即可得到粒径为500-1500nm的载肝素钠聚氨酯微纳米颗粒溶液。本发明操作工艺路线简单,耗能少,无污染,为抗凝血药物肝素钠更安全有效的应用于临床及聚氨酯新型复合物材料制备提供了思路。