本发明涉及一种具有防治植物黄萎病功能的内生菌的获得方法及其应用,属于生物技术领域。所述的降解大丽轮枝菌霉素蛋白的植物内生细菌的获得方法,是把从植物体内分离得到的植物内生细菌的菌体与大丽轮枝菌霉素混合培养,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳测定混合培养后的蛋白条带与原毒素的蛋白条带进行比较,混合培养体系缺少了26KD蛋白条带的为目的菌株。该方法目标明确,机理清楚。解决了生物防治土传病害中的生防微生物受土壤环境影响大,效果不稳定的缺点。本发明利用大丽轮枝菌的致病特点和植物内生细菌在植物体内传导的特性,直接针对引起植物病害的黄萎病菌毒素筛选降解解毒素的内生细菌以达到有效防治植物黄萎病的目的。