本发明公开了一种风能自动除藻器及其除藻方法,包括风能装置和除藻装置,所述风能装置包括风动叶轮和垂直转轴,所述风动叶轮通过第一变相齿轮设置在所述垂直转轴上端,所述风动叶轮端部连接有风向引导装置;所述除藻装置包括支撑结构、旋转轴承和腔室,所述支撑结构的一端通过滑轮与所述旋转轴承的一端连接,所述旋转轴承的另一端通过第二变相齿轮与所述垂直转轴连接,所述旋转轴承上焊接有若干腔室;一种风能自动除藻器的除藻方法,通过支撑结构将风能自动除藻器安装在湖面上,第一变相齿轮将风能转化为垂直转轴的动能,第二变相齿轮将垂直转轴的动能转化为水平方向的腔室的动能;腔室进行旋转,进而实现有序除藻。