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一种基于尺度不变特征变换算法的显微成像系统三维点扩散函数选取方法,包括如下步骤采用不同径向大小和层数的三维点扩散函数对图像进行复原仿真实验,对原始清晰图像、模糊图像和复原后的图像,分别进行特征点的检测,将复原后图像、模糊图像分别与原始清晰图像做尺度不变特征变换特征匹配,记录匹配点的数目,并与相应的三维点扩散函数的直径、层数对应,绘制特征点匹配数目与三维点扩散函数直径、层数曲线,在此基础上再绘制匹配点数目增量与三维点扩散函数直径、层数曲线,并结合三维点扩散函数现有的结构理论,对三维点扩散函数空间大小进行选取。