本发明公开一种基于频率补偿的多基线SAR干涉相位估计方法,通过展开最短基线的复干涉图,来提取复干涉图的每一像元随基线变化的粗略估计频率;把上述提取出的复干涉图的每一像元随基线变化的粗略估计频率通过共轭复乘补偿给相应的抽样复干涉信号;对降频抽样复干涉信号进行傅里叶变换,并做峰值搜索后获得复干涉图的每一像元随基线变化的降频抽样复干涉信号频率;将步骤一所得的粗略估计频率与步骤三所得的降频抽样复干涉信号频率叠加后,获得复干涉图每一像元随基线变化的估计频率;在获得复干涉图的每一像元随基线变化的估计频率的基础上,求得最长基线干涉图的干涉相位。本发明其具有简单有效、计算量较小、精度较高,稳健性较强的特点。