本发明为永磁同步直线电机非线性干扰的控制方法及控制系统。本控制方法在现有的复合前馈比例微分控制的up+uf的基础上,增加了小波神经网络WNN在线估计的补偿电压值ud,三者之和作为永磁同步直线电机定子的控制电压U(t),即控制电压U(t)=up+uf+ud。所述小波神经网络是一个三层前向网络,ud=ω1ψ1+ω2ψ2+…ωjψj+…+ωmψm。小波神经网络的学习信号为比例微分控制器的输出值。本控制系统含数字信号处理控制器、与PMLSM定子相连的功率驱动模块、安装于PMLSM的动子位移传感器。本发明用WNN有效地补偿了PMLSM推力波动、摩擦力等干扰以及固定参数模型的误差,跟踪精度可提高2.7倍以上;本控制系统可采用通用硬件实现,便于推广应用。