本发明的环境水体原位监测仪水样全自动过滤装置,是将卷筒状的过滤膜带安置在装置外壳外侧的送过滤膜盒中,过滤膜带的带头穿过装置而固定在装置外壳另一外侧的收过滤膜盒中与收膜步进电机连接的卷轴上,装置内设置过滤膜传送机构,装置内的过滤膜带的一部分处于可严密接合也可完全分离的一对中心孔相对应的椎体之间,水样进出口分别与椎体的中心孔连接。收过滤膜盒中的收膜步进电机与过滤膜传送机构的膜传送驱动步进电机同步转动,收膜步进电机扯动过滤膜向收过滤膜盒一方移动。同时膜传送驱动步进电机带动传送带移动,使位于传送带上的压膜槽和压膜辊随着传送带移动,并重合而夹紧过滤膜带平面,也使过滤膜向收过滤膜盒一方移动。椎体完全分离时过滤膜带移动而自动更换,椎体严密结合时过滤膜固定而起过滤作用。该装置实现了无人值守实时原位水体的全自动过滤,解决了原位水体监测的关键技术问题。