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本发明公开了一种生物抑菌防虫生态性系统制剂及其制备方法和应用。其特征在于它是一种集微生物、有机活性载体、有机营养、微量元素营养、辅助防虫植物提取物于一体适应微生物生长的生态性系统制剂,由下述重量份数物料组成:中药材1~3份;果蔬1~3份;蔬菜废弃物1~3份;水10~15份;糖0.3~0.5份;功能菌0.01~0.02份;碳化有机物0.05~0.1份;木醋液0.005~0.01份;矿物元素0.01~0.02份;农用级壳寡糖0.0001~0.0002份;农用级微量元素0.01~0.02份;植物提取物0.01~0.02份。所述制剂可基施和喷施,在黄瓜种植中抑菌效果较对照提高75%,白粉虱减少60%。