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本发明公开了一种生物饲料生态性系统添加制剂及其及其制备方法与应用。其特征在于它是一种集微生物、有机营养和微量元素营养于一体适应微生物生长的生态性系统制剂,由下述重量份数的物料组成:中药材:1~3份;水果:1~3份;蔬菜:1~3份;水:10~15份;蜂蜜:0.3~0.5份;功能菌0.01~0.02份;天然矿物元素0.01~0.02份;饲料级壳寡糖0.0001~0.0002份;饲料级微量元素0.01~0.02份。所述添加剂可改善动物肠道菌群生态平衡及将饲料成分转化为易吸收的养分,从而促进畜禽健康生长。所述生物饲料生态性系统添加制剂应用于肉鸡养殖,与对照比可使料肉比降低0.12,发病率减少19%。