本发明公开了一种平流层飞艇电子设备舱温度控制系统及控制方法,控制系统包括相变储热子系统、液体循环子系统和风机冷却子系统;所述相变储热子系统包含相变换热器和安装在相变换热器的热管;所述液体循环子系统包含位于电子设备舱内的换热器、泵和储液器,所述换热器、泵、储液器和相变换热器通过第一管路依次连接形成循环,换热器与高热流密度的电子设备相连;所述风机冷却子系统包含风机和送风管路,所述风机分别与第二管路和第三管路连通,相变换热器位于第二管路上,第三管路与送风管路连通。本发明能防止飞艇在极热天气低空时单一冷源不能满足制冷需求的不利影响,同时能防止飞艇在高空由于大气密度较低而引起的制冷量不足。