本发明公开一种医用多温区恒温控制器,包括恒温控制芯片,多路半导体制冷片的驱动模块,温度采集模块,温度声光报警模块,按键输入模块,温度显示模块和CAN总线通信接口;所述多路半导体制冷片的驱动模块,温度采集模块,温度声光报警模块,按键输入模块,温度显示模块和CAN总线通信接口分别与恒温控制芯片连接。本发明还提供一种用于上述医用多温区恒温控制器的控制方法。本发明集成度高,控温范围广,控温精度高,可四通道单独控温,也可随意组合形成更高功率的控温系统,调试和维护简单。同时控制器带有总线接口可以多个控制器组合使用,具有较强的通用性。