本发明公开了一种远洋船舶导航自动航行系统及导航方法,自动航行系统包括自动航行控制器、触摸屏、轨迹球、三维电子海图模块、GPS模块、船舶雷达模块、AIS模块、罗盘模块、计程模块、风向风速测量模块、测深模块、4G无线网络通讯模块;所述触摸屏、轨迹球、三维电子海图模块、GPS模块、船舶雷达模块、AIS模块、罗盘模块、计程模块、风向风速测量模块、测深模块、4G无线网络通讯模块分别与自动航行控制器相连。本发明的导航方法在电子海图上标记起点和终点,自动安排最佳路线,自动航行期间回避路线中的障碍物和航行船只,自动驾驶船舶行进到指定终点,降低船舶的人员配置,减轻船员的工作强度。