本发明公开了一种海况自适应船舶自动压载系统及其控制方法,其系统的第一工作站和第二工作站采用双计算机冗余结构,第一路由器、第二路由器、气象雷达通过环状屏蔽网线相互连接成环网冗余结构;第一工作站和第二工作站作为上位机实现人机交互功能,其工业控制器作为下位机实现系统检测与控制执行功能。该方法包括工作站主程序、工业控制器程序,以及自动压载、水泵控制、阀门控制和海况参数提取子程序。本发明可根据指令,自动判断并完成压载或卸载操作准备;自动控制压载水泵及各阀门,进行船舶压载及卸载;自动获取海况参数并依此调整船舶压载控制参数,来保持船舶压载的稳定。本发明压载及卸载操作速度快,安全可靠。