本发明公开了一种自主式水下机器人组合导航系统,由捷联惯性导航系统、全球定位导航系统、多普勒测速仪、磁航向仪组成,所述捷联惯性导航系统计算出相对地球沿地理坐标系的速度信息、位置信息和姿态信息;所述全球定位导航系统获取自主式水下机器人的初始绝对位置信息和速度信息;所述多普勒测速仪计算出速度信息;所述磁航向仪计算出航向信息;所述全球定位导航系统对捷联惯性导航系统定时重调,系统对捷联惯导系统输出的速度信息、位置信息和姿态信息,多普勒测速仪所计算的速度信息,磁航向仪所计算的航向信息用自适应模糊卡尔曼滤波进行数据融合,得到精确组合导航信息。